真菌农药除具有一般生物农药的对环境友好、无残留等特点外，还具有以下优点。
1、靶标性强：大多数真菌农药专化性强，对人畜禽等高等动物无害，同时对非靶标的瓢虫、草蛉、蚂蚁、植株和食蚜虻等害虫天敌有很好的保护作用，能够有效维护生态平衡。
2、资源丰富、杀虫谱广：自然界中70%非正常死亡的害虫是由于感染真菌而死亡，因此，自然界中有丰富的生防真菌资源，我们能够筛选的针对各种害虫的专性真菌菌株用于真菌农药的开发。真菌杀虫剂能够直接从昆虫体壁入侵，因而对刺吸式口器害虫也有很好效果。
3、扩散能力强，持效性好：真菌杀虫剂具有较强的垂直与水平扩散能力和较广的杀虫谱。由于受真菌感染后罹病虫体表面可以产生新一代分生孢子，可进一步扩散，因此真菌杀虫剂的垂直与水平扩散能力强，有助于害虫的持续控制与害虫流行病的发生。真菌农药中的活体真菌及孢子或菌丝体，施入田间后，借助适宜的温度、湿度，可以在田间定殖、继续繁殖生长，诱发害虫的流行病，不但可以对当年当代的有害生物发挥控制作用，而且对后代或者翌年的有害生物种群起到一定的抑制，具有明显的后效作用。重庆大学在山东日照用金龟子绿僵菌防治花生蛴螬，连续防治两年后田间虫口数量降低至一般田块的1/5以下。
4、害虫不易产生抗性：真菌杀虫剂的多种杀虫机理（营养竞争、组织机械破坏、毒素作用等）使得害虫对真菌杀虫剂产生抗药性的机率几乎等于零。中国科学科院微生物研究研究发现，利用真菌杀虫剂白僵菌持续控制马尾松毛虫长达10年，没有发现松毛虫产生抗药性。
5、具有促植物生长功能：真菌农药生产发酵过程中的培养基以及菌体死亡产生的氨基酸、多肽酶及微量元素等都是作物生长所必需的营养成分；一些杀虫真菌菌株具有菌根功能，能够在植物根际定植，除具有杀虫或抑菌功能外，还附带有改良土壤，改善作物生长条件及提高作物抗逆力和提高产量的功能。
6、生产原料来源广泛，易于大批量商品生产：真菌农药主要利用天然可再生资源（如农副产品的谷壳、麸皮、玉米等）发酵生产，原材料的来源广泛、生产成本低廉，不与化工产品争夺不可再生资源（如石油、煤、天然气等），有利于自然资源保护和循环经济。
真菌农药虽然具有目前许多化学农药难以具备的优点，但是，真菌农药产品与化学农药相比也存在许多本身固有的弱点，简要概括起来主要包括以下几点。
1、防治效果较为缓慢：虫生真菌在侵染害虫的时候，要经历附着、产生附着和穿透结构、分泌各种酶降解昆虫表皮、在昆虫体内大量增殖等一系列的复杂过程，很难在短期时间内得到很好的效果。
2、容易受到环境因素的制约和干扰，防效稳定性欠缺：由于真菌农药的活性成分是真菌活体，因而受环境因素（温度、湿度）的影响较大。真菌孢子的萌发需要温度、湿度等一系列的环境条件，而且其药效发挥缓慢，更易于受到田间紫外线的破坏，所以真菌农药作用的发挥对环境的依赖性很大，不适宜的环境往往会严重干扰真菌农药的使用效果。
3、产品货架期短、只能短期存放：真菌农药的有效成分是真菌活体，因而受环境（温度、湿度）的影响较大，产品的贮存一般要求储藏温度低于常温。真菌孢子不能长期保存，即便是加了保护剂、稳定剂等成分，孢子的活性在半年后也会大大降低。更重要的是，多数生物农药“货架寿命”不足。货架寿命指的是物品出售后的最佳使用期。根据英国出版的《生物农药手册》（TheBiopestickleManual)中收录的60种微生物活体农药统计，其货架寿命达两年的仅15%，30%的微生物活体农药的货架寿命低于3个月，10%的微生物活体农药要求货到即用。这个问题有待于剂型的优化才能在一定程度上改善。
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