1、使用范围受限制，特异性强在一定的作物区内，大部分作物感染了病害，还有一部分没有感染，对于这一部分来说是没有必要施用药肥的，这就造成了使用范围受限。而且药肥是针对不同的病害和不同的植株而使用的，这一植株施用效果好，而对于另一种植株来说，效果就不一定有那么明显。
2、养分比例固定药肥中的农药和肥料是按一定的比例相混的，而不同土壤、不同作物所需的营养元素种类、数量和比例是多样的。此外，还有肥料和农药在使用时间上并不同步的问题，施肥时不一定要喷药，喷药时并不需要施肥。药肥兼有农药与肥料的特性，所以必然也会存在这两者的一些缺点，比如污染、残留等。
3、产品单一，工艺简单目前产品种类多集中在除草药肥，其他方面的几乎很大部分产品只是简单的混合，技术创新少。
4、质量不稳，比如除草药肥的除草效果不够优秀，除草剂复配的组合都只是一般的、常规的，他们对于一些常见的、非顽固杂草的防治效果还可以，但是对于大面积暴发的草害、顽固杂草却显得无能为力。对于某些存在恶性杂草的地方，不可避免地要额外使用除草剂，这样除草药肥的竞争能力就相对低下。
5、成本增加目前市场上药肥的价格偏扃，但是性价比偏低。只使用药肥，平均每亩就要花费30~35元，与传统的施肥和喷药相比，每亩足足多了10元左右。对于一些种植面积少的农户来说，除了能节省人工以外，没有特别能吸引人之处。然而对于种植面积大的农户来说，节省的人工、时间就是一个特别吸引人的方面。
6、管理欠缺
①市场管理混乱，假货次货横行。我国药肥产业还处于初级阶段，药肥生产行业缺少行业标准，市场管理混乱，导致假货、次货横行，对市场造成了不小的冲击，更是加剧了药肥市场的混乱度。
②耗资大成本高。目前药肥的登记部门是农业部农药检定所。
正规从事药肥生产，对企业来说门槛很高，一个新农药制剂的注册登记，需要经过毒理、环境、药效、残留等方面的试验，通常要花费3年以上的时间，耗资几十万元，很多小企业根本耗费不起这么长的时间、也承担不起高昂的成本支出。
③以假乱真违法经营。目前，市场已发现仿、假、冒类型的药肥违法产品，在肥料中随意添加农药，就称作药肥。有些厂家唯利是图，没有充分了解产品的合法性，在产品利润的诱惑下贸然经销，严重侵害了消费者的合法权益。
7、国内药肥产品缺少国家标准和行业标准部分药肥产品有效成分含量较低，加上市场管理交叉，很难对产品进行分类和检测，给假劣产品一定的生存空间。最近几年，药肥在我国的一些地方出现，可生产技术很不成熟，只是在试验、示范阶段。目前我国药肥产品无国家标准和行业标准，均注册为企业标准。药肥的生产，需要制定严格的规程和相应的技术标准。
由于药肥混剂在产品稳定性、使用同步性及作物安全性等方面可能存在某些缺陷，建议加强管理、慎重开发、严格产品质量，确保效果和安全。加强对药肥混剂产品的科学性、合理性及农业生产实际需求的审査，根据实际需要，对使用风险小、农业生产和农民确实需要的方可允许登记。进一步完善登记和标签标示要求，严格限定药肥混剂登记的农药种类和使用范围，防止出现药肥混剂过多、过滥等不良倾向。
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