蔬菜坐果期追肥时，定期施用微生物菌剂，对养护根系、提高蔬菜产量和品质具有显著作用。不同品牌的微生物菌剂，添加的菌种和含量存在差异，建议结合棚室土壤具体情况选用，并坚持长期施用，以充分发挥其效果。
针对盐渍化土壤：可选用芽孢杆菌类微生物菌剂。芽孢杆菌能将土壤中难溶解的磷、钾转化为作物可吸收利用的磷、钾离子，还能释放钙、硫、镁、铁、锌、钼、锰等中微量元素，既提高化学肥料利用率，又能缓解土壤盐渍化问题，改善土壤理化性状。
针对有土传病害的棚室：此类棚室土壤中有益菌含量较低，而芽孢杆菌是土壤中的优势种群，多冲施芽孢杆菌类微生物菌剂，可防治根腐病、枯萎病等多种土传病害，叶面喷施对之都有较好防治效果。此外，施用含木霉菌的微生物菌剂，对立枯丝核菌、镰刀菌、黑根霉和柱孢霉等病原菌引发的病害，也能起到良好预防作用。
针对棚内有线虫的情况：淡紫拟青霉是植物寄生线虫的重要天敌，能寄生于线虫卵，也可侵染幼虫和雌虫；厚孢轮枝菌是兼性寄生菌，可寄生于植物根区的球形胞囊线虫、胞囊线虫和根结线虫，减少线虫繁殖，还能促进作物根系生长。因此，棚内有线虫时，可施用含淡紫拟青霉或厚孢轮枝菌等菌种的微生物肥料，既能防线虫，又能养根，实现双重效果。
针对果实口感不佳的问题：建议选择含乳酸菌、嗜酸乳杆菌、凝结芽孢杆菌等类型的微生物菌剂。例如，侧孢芽孢杆菌、凝结芽孢杆菌等可使植物体内硝酸盐含量降低20%以上，减少重金属含量，让果实中维生素C含量提高30%以上，可溶性糖增加2—4度；含乳酸菌、嗜酸乳杆菌、凝结芽孢杆菌的微生物菌剂，能提高果实中必需氨基酸（赖氨酸和蛋氨酸）、维生素B族和不饱和脂肪酸含量，让果实口感更好、耐储藏、品质更高。
冲施微生物菌剂时，一般每亩用量为5—10千克，具体用量可根据不同品牌产品的说明及实际种植情况灵活调整，避免浪费。
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