在水旱轮作中，土壤经历着由干变湿和由湿变干的过程，水田土壤在由干变湿的过程中，渍水条件下pH的改变和Eh降低，水分增加，可使有效磷的含量增加，而在土壤由湿变干且冬季气温较低时其有效磷的含量常常降低，这就使得施在旱作上的磷肥，对后作水稻有较大的后效，而施在水稻上的磷肥对后茬旱作的贡献较小。因此，水旱轮作地区，尤其是土壤中的磷以磷酸铁盐的形态为主的条件下，施磷的重点放在旱作上，而水稻仅在基肥中施少量磷肥，以满足水稻苗期的需要，这样可提高磷的利用效率，减少磷的流失造成的水体污染。如果旱作是豆科作物，则还可以起到“以磷增氮”的作用。
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