微生物作为生物技术的“宠儿”，不仅可以作为转基因的供体，把自身的优良性状提供给其他生物；也可以作为转基因的载体与工具，把一个生物的优良性状携带给另一个生物；还可以作为转基因的受体，接受其他生物的基因，并在自身细胞内复制和表达。我们已经知道，微生物具有繁殖快，容易实现工厂化生产等优点，如果把植物或动物的基因移植到微生物中去，就可以多快好省地生产各种生物制品。微生物重组DNA技术首先在大肠杆菌中实验成功，随后扩展到其他微生物，主要的微生物宿主包括大肠杆菌、枯草芽孢菌、面包酵母、毕赤酵母、多形汉逊酵母菌和黑曲霉等。经过生物技术改造以后，微生物被用于生产药物、生产食品工业用酶制剂、农业用饲料与农药、降解环境中有机污染物、富集环境中重金属以及燃料生产等，其中与人类息息相关的就是转基因微生物大量生产用于医药的人类蛋白及疫苗。比如说研究人员把人体的“胰岛素基因”移入大肠杆菌中，于是这些在人类肠道中默默无闻且不请自来的神秘客人，一跃成为生产人类重要激素的标兵能手。
此外，转基因微生物还应用于植物和动物上，主要用于植物杀虫、防病、固氮、调节生长以及生产动物转基因活疫苗和动物饲料添加剂等。可以设想，随着现代生物技术的不断发展，新的技术不断涌现，转基因微生物的应用范围还将不断拓宽，一定能够生产出更多、更好的转基因微生物产品加入到服务人类发展的行列。
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