吡草唑属超长链脂肪酸延长合成酶抑制剂类除草剂，砜吡草唑施用后被杂草幼根或幼芽吸收，通过抑制超长链脂肪酸延长合成酶的生物合成，并引起了脂肪酸前体物质的构建，能够抑制幼苗早期生长，破坏分生组织与胚芽鞘，而发挥药效。
在农药除草剂中有不少除草剂具有此作用机理，如氯乙酰胺类除草剂的乙草胺、异丙甲草胺、吡草胺，氧代酰胺类除草剂的苯噻酰草胺，四唑啉酮类除草剂的四唑酰草胺，三唑类除草剂的唑草胺及茚二酮类除草剂的茚二酮等。
因此，砜吡草唑作用机制与乙草胺及和异丙甲草胺等氯乙酰胺类除草剂相似，但其应用作物种类更广泛，生物活性远大于乙草胺与异丙甲草胺，用药量更低；其单位面积用量比乙草胺及其他氯乙酰胺类除草剂品种要低8~10倍，因而其除草效果更好。自该品种开发成功以来，其应用作物种类广泛、防治谱广，对多种作物田一年生禾本科和阔叶杂草均有较好的除草效果，受到用户广泛重视和高度评价。当前在欧盟禁用乙草胺与异丙甲草胺的形势下，也由于目前我国销量最大的封闭性除草剂氯乙酰胺类除草剂品种安全性差，长期使用导致抗性增强，而除草效果变得越来越差。因此，砜吡草唑将可全面取代广泛应用的乙草胺、异丙甲草胺等氯乙酰胺类除草剂，成为土壤处理剂的新主流品种。
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