1、有机无机肥配施对作物产量的影响
有机无机肥配施能明显促进水稻、小麦、玉米、蔬菜、棉花、果树、烤烟等作物的生长，并提高产量。有机肥料中含有植物生长调节物质和有机质（如腐植酸等），能包裹植物生长必需的各种营养元素，具有调节作物碳氮代谢的功能，防止衰老，增施有机肥可显著促进作物生长，且有机肥的作用效果在作物生长后期更加明显。有机肥料的添加促进土壤中快速形成有益微生物群落，大大促进了土壤中营养元素的有效化。有机无机肥配施能提高作物产量主要是因为有机肥能改善作物生长环境，提高根系活力，提高氮肥利用率，促进光合产物形成，增加结实率和千粒重。
2、有机无机肥配施有利于改善农作物产品品质
有机无机肥配施可提高各种蔬菜可食部分可溶性糖含量，降低了苋菜与芹菜硝酸盐和粗纤维含量，促进辣椒、菜豆、包菜体内维生素C与泽胡萝卜素含量的提高，并降低其硝酸盐含量。增施沼肥可提高直链淀粉、蛋白质和氨基酸含量。此外，沼肥与化肥配施可有效减少油菜、骷子体内硝酸盐的积累，并且随沼肥用量的增加其体内硝酸盐含量不断降低。但是，不同有机无机肥配施及其不同配比对农产品品质的影响不一。因此，必须采用合理的配施方案才能取得较好的效果。
3、有机无机肥配施能抑制病原菌，减少作物土传病害的发生
有机物料堆肥可有效降低小麦白粉病、生姜青枯病、黄瓜连作障碍、棚室瓜果的根结线虫病等的发生。不同的有机无机肥配施对作物土传病害的影响且效果不一。沼肥含有维生素B12、脱落酸(ABA)、赤霉素等生长调节物质，并能释放甲烷等挥发性物质，可净化稻田环境，增强作物抗逆性，尤其是以沼肥与无机肥配施后效果明显增强。猪粪堆肥可抵抗立枯丝核菌对金盏菊、鱼尾菊的侵染。饼肥（豆饼、花生饼）可抑制小麦胫黑穗病、杆黑穗病和马铃薯枯萎病；长期连续施鸡厩肥对果树根腐病有抑制效应；而纤维含量高的有机肥（叶片、锯末、秸杆等）处理的土壤对玉米茎腐病有明显抑制作用；绿肥施用可防治西瓜枯萎病、草莓黄萎病和马铃薯疮痂病等；牛粪、草炭、食用菌养殖下脚料和蛭石等配成的有机肥做基质可抑制瓜果类（黄瓜、番茄）苗期猝倒病。在有机肥中添加拮抗菌对防治蔬菜土传病害具有更好的防治效果。
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