糖链植物疫苗能有效地防治作物病害，主要通过两个途径起作用：一是糖链植物疫苗可以抑制植物病原菌生长，钝化病毒的侵染力。二是糖链植物疫苗与植物细胞上的受体结合，激发抗性信号分子产生，经过信号转导，激发抗性基因表达，产生抗性物质如植物抗毒素、几丁质酶、苯丙氨酸解氨酶、多酚氧化酶、过氧化物酶、过氧化氢酶、超氧化物歧化酶、β-1，3葡聚糖酶等，从而达到防治病害的目的。组织结构方面，糖链植物疫苗诱导植物产生从细胞壁到细胞内部的一系列结构抗性反应，细胞壁强化是第一个环节。包括木质素沉积乳突形成及胼胝体、胶滞体、侵填体的产生等，都可不同程度地阻止病原物的侵入和扩展。壳寡糖处理黄瓜植株叶片，可诱导黄瓜产生对白粉病的抗病性，寄主细胞对病原菌的侵入产生了防卫反应结构和物质以及过敏性坏死反应。表现为寄主细胞壁加厚，染色加深，寄主细胞壁下产生多层次结构的乳突，在寄主细胞壁与质膜之间有黑色物质沉积；吸器外质膜皱褶，染色加深，吸器外基质中出现染色加深的颗粒状电子沉积物；寄主细胞质紊乱，细胞器解体，整个寄主细胞解体、坏死。
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