使用微生物肥料符合生产安全、无公害农产品的肥料原则要求，已被中国绿色食品发展中心列入生产绿色食品允许使用的肥料。但微生物肥料的施用方法比化肥、有机肥要严格，因此在使用时应注意以下事项。
1、选择获得农业部正式登记或临时登记的微生物肥料产品，选用质量合格的微生物肥料：国家规定微生物肥料菌剂有效活菌数>2亿/g，大肥有效活菌数>2000万/g，为了使生物肥在有效期末期仍然符合这一要求，一般生产厂商在出厂时应该有40%的富余。如果达不到这一标准，说明质量达不到要求。质量低下、杂菌含量高或过期的产品不能施用。
2、注意产品的有效期：微生物肥料的核心在于其中活的微生物，产品中有效微生物数量是随保存时间的增加逐步减少的，若数量过少则会起不到应有的作用。因此，要选用有效期内的产品，最好用当年生产的产品，坚决不购买使用超过保存期的产品。
3、注意存放和运输条件：避免阳光直晒，防止紫外线杀死肥料中的微生物；应尽量避免淋雨，存放在干燥通风的地方；产品贮存环境温度以15~28℃为最佳，避免长期放置在35℃以上和一5℃以下低温处。
4、微生物肥料施用时要尽量减少微生物的死亡：微生物肥料应施人作物根正下方，不要离根太远，同时盖土，避免阳光直射，拌种时应在阴凉处操作，拌种后要及时播种，并立即覆土。
5、菌肥不可与有害农药、化肥、杀菌剂或种衣剂混放混用：因为这些物质会不同程度地抑制微生物的生长和繁殖，甚至杀死微生物。对于种子的杀菌消毒，应在播种前进行，最好不用带种衣剂的种子播种。微生物肥料可以单独施入土壤中，与腐熟的有机肥料(如渣土）混合使用效果更好，但不要和化学肥料混合使用。
6、微生物肥料应开袋即用，且最好是一次性用完，避免细菌侵入袋内，使微生物菌群发生改变，影响其使用效果。未用完的微生物肥料，要妥善管理，防止微生物肥料中的细菌传播。
7、创造适宜的土壤环境：高温和干旱、过酸或过碱会影响微生物菌群的生存和繁殖，不能使肥料发挥其良好的作用，因此需通过合理农业技术措施，改善土壤温度、湿度和酸碱度等环境条件，如酸性土壤应中和酸度，土壤过分干燥时，应及时灌浇，大雨后要及时排除田间积水，合理耕作，提高土壤通透性，保持土壤良好的通气状态（即耕作层要求疏松、湿润），保证土壤中能源物质和营养供应充足，促使有益微生物的大量繁殖和旺盛代谢，从而发挥其良好增产增效作用。
8、因地制宜推广应用微生物肥料：根瘤菌肥料增产效果明显，可在豆科作物上广泛应用。对其他微生物肥料，应探索不同菌肥的效应、施用量、施用方法。
9、各种微生物肥料在使用中所采用的拌种、基肥、追肥等方法，应严格按照使用说明书的要求操作。如根瘤菌肥适用于中性微碱性土壤，多用于拌种，每亩用量15~25kg，加适量水混匀后拌种。固氮菌肥适合于叶菜类，做种肥时加适量水混匀后与种子充分混拌，随后播种，做基肥应与有机肥配施，施后随即覆土，做追肥施用时则用水调成糊状，施后立即覆土。磷细菌肥拌种是随用随拌，不可与农药及过酸或过碱的肥料混用，拌种量为lkg种子加0.5g菌肥和0.4g水，基肥用量每亩1.5~5kg，施后立即覆土，做追肥时宜在作物开花前施用。钾细菌肥做基肥宜与有机肥混施.每亩用量10~20kg，施后随即覆土，拌种时应加适量清水调成悬液喷洒在种子上拌匀，蘸根时用1kg菌肥加5kg清水混匀，蘸根后立即移栽覆土，避免阳光直射。
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