若要切实提升生物有机肥的肥效，充分发挥其对作物生长与土壤改良的作用，需要注意以下事项。
微生物在25℃—37℃活力最佳，低于5℃或高于45℃、干旱田块不宜施用；需保持土壤湿润但不过湿，施用后要及时覆土浇水，为微生物创造适宜生存环境。
生物有机肥勿与杀虫剂、杀菌剂、除草剂、未腐熟农家肥、强酸强碱及高浓度化肥（如尿素、二铵）混合，避免阳光直射菌肥，防有益菌受损。
生物有机肥在有机质高的土壤施用效果好，贫瘠田块需结合土壤改良提升施用效果。
生物有机肥养分低，需与化肥等配合施用；有益菌需持续补充，建议多年连续施用以稳定土壤微生物群落。
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