土壤中的钼可粗略分为水溶态、交换态、有机态和矿物态4种。水溶态和交换态钼对作物有效,被称为有效钼。在有效钼中,交换态钼为主,以钼酸根离子态吸附在土壤黏粒和铁铝氧化物上。矿物态钼处在原生和次生矿物晶格中的非交换位置上,对作物无效。随着有机质的矿化,有机态钼释放出钼离子,作物可以吸收利用。
钼在土壤中以多种化合价出现,其中只有正六价钼酸根对作物有效。与其他微量元素不同,钼的有效性随土壤酸度的降低而增加,pH每升高1个单位,钼酸根的活性相应提高10倍。通常认为,每千克土壤有效钼含量低于0.15毫克为低水平,高于0.20毫克为高水平,0.15~0.20毫克为中等水平。