土壤中锰的形态复杂，有正二、三、四价。依据对作物的有效性可粗略分为活性和非活性两部分。活性锰即有效锰，包括水溶态、交换态和易还原态。水溶态和交换态锰，都以二价锰离子存在，通常以交换态含量为多，水溶态很少；易还原态锰是正三价，易得到电子还原成二价，也被认为是对作物有效的锰；非活性锰即四价锰，对作物无效。
土壤中二、三、四价锰的氧化物依酸碱情况和还原条件而互相转化。在酸性土壤中，四价锰减少，而二价锰增多，pH每降低1个单位，二价锰离子浓度就增加100倍。这也是土壤酸化的果园，果树因锰多而中毒罹患粗皮病的原因。氧化条件下，锰由低价向高价转化，故通透性良好的沙质轻质土壤，锰的有效性低。一般认为，每千克土壤有效锰含量低于9.0毫克为低水平，高于12.0毫克为高水平，9.0~12.0毫克为中等水平。烟台地区耕地耕层土壤中有效锰含量平均为54.6毫克/千克，处于极高水平。
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