荧光假单胞杆菌首先能够定殖于作物根际或根表，然后依靠产生的噬铁素或抗生素起作用；主要通过对铁离子的竞争——产生噬铁素络合根围铁离子，使病菌得不到足够的铁索营养，从而影响多种病原真菌的生长，减轻对植物体的危害；还可以产生多种抗生素，对病原菌有较强的杀伤作用。
荧光假单胞杆菌主要登记作物病害为：番茄青枯病、烟草青枯病、黄瓜靶斑病和灰霉病、水稻稻瘟病等。
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