土壤中的锰来源于成土母质。土壤中锰的含量平均为850mg/kg，我国土壤锰的平均含量为710mg/kg。一般红壤全锰含量最高，有效锰也较高，而石灰性土壤则锰含量较低。
土壤锰含量还受成土过程的影响。我国淋溶作用较强的黄壤含锰量很低。土壤中的锰大部分不能直接被作物吸收利用，锰在土壤中的存在形态及其有效性是不同的。土壤中锰的形态有：水溶态锰、代换态锰、易还原态锰、有机态锰、矿物态锰。上述五种形态的锰在土壤中处于相互转化中，转化方向决定于土壤pH值、氧化还原电位、氧化锰的水化和脱水作用、土壤有机质和微生物互动。
在酸性土壤中，大量的锰呈水溶态和代换态存在。土壤中各种形态的锰对植物的有效性是不同的。水溶态锰和代换态锰对植物是有效的，有机态锰部分有效，矿物态锰大多是无效的（少数有效）。
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