锰以二价离子态被植物吸收。在植物体内锰有两种形式：以二价离子态或以结合态（锰与蛋白质结合），存在于酶与生物膜上。锰在植物体内再利用的程度较差，因此缺锰症状首先发生在幼叶。钙、镁、铁、锌等阳离子都可影响植物对锰的吸收和运转。反之，锰也会妨碍植物对这些阳离子的吸收。锰有价态变化，在植物体内积极参与代谢中的氧化还原过程。锰是许多酶的活化剂，并且通过这种作用间接参与各种代谢过程。
1、锰直接参与光合作用：锰参与光合作用中水的裂解和放氧系统。锰有维持叶绿体膜正常结构的作用。在叶绿体的基粒片层（类囊体）中，锰以键桥的形式固在双层膜的内膜上。
2、锰是多种酶的活化剂：研究表明锰是30多种酶的活化剂和3种酶的组成成分，所以锰与呼吸作用、水化合物的转化、生长素的合成及降解等都有密切关系。
3、锰调节氧化还原作用：在植物体内锰有价数变化，即二价离子态和四氯化锰相互转化。锰与铁相互配合，共同调节植物体内的氧化还原电位和氧化还原过程。所以，植物体要有一定的锰/铁含量比。此外，锰参与氮代谢，对种子萌发、幼苗生长、花粉管的发育、幼龄果树提早结果、维生素C的形成以及增强植物茎的机械强度等均起一定作用。
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