农用微生物菌剂具有直接或间接改良土壤、恢复地力、维持根际微生物区系平衡、降解有毒有害物质等作用，应用于农业生产，通过其中所含微生物的生命活动，增加植物养分的供应量，促进植物生长，改善农产品品质及农业生态环境。执行标准GB20287-2006。
微生物菌剂按照内含的微生物种类或功能特性可分为根瘤菌菌剂、固氮菌菌剂、解磷类微生物菌剂、硅酸盐微生物菌剂、光合细菌菌剂、有机物料腐熟剂、促生菌剂、菌根菌剂、生物修复菌剂等。
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