1、有效期。存放时间超过有效期的微生物肥料不要使用。
2、温度。施用菌肥的最佳温度是25~37℃，低于5℃，高于45℃，施用效果较差。同时还应掌握固氮菌最适温度土壤的含水量是60%、70%。
3、地点。对含硫高的土壤不宜施用生物菌肥。
4、菌数。有效活菌数达不到标准的微生物肥料不能购买，国家规定微生物菌剂有效活菌数≥2亿/g(颗粒1亿/g)，复合微生物肥料和生物有机肥有效活菌数≥2000万/g。
5、时期。生物菌肥不是速效肥，在枣树的营养临界期和营养大量吸收期前7~10d施用，效果最佳。
6、混合。应注意，不应将菌肥与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫的化肥（如硫酸钾等）以及稻草灰混合用，因为这些药和肥很容易杀死生物菌。
7、用量。对于已多年施用化肥的田块，施用生物菌肥时不能大量减少化肥和有机肥的施用量。
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